但是，官员们也不傻，他们逐渐看出来了，这是喊着口号查大案，实际上是清洗政敌！
孙承宗、徐光启虽然不喜欢那些那些排挤他们的官员，也痛恨亲贵们百般阻挠新政，但他们俩也不愿意看到血雨腥风，还不至于把政敌置于死地。这么多的人被冤杀，激起了他们俩的不满。
他们甚至明白这是皇帝授意的，因此直接进宫，当面规劝朱由校杀伐太过，只有桀纣那样的暴君才能做出这样的事。
面对两人的义愤填膺，朱由校倒也不生气，说：“太祖爷曾因郭恒一案杀尽朝官，空印案杀尽天下府县官员，与朕比，可谓如何？”
孙承宗正色的回道：“太祖圣武天聪，郭恒一案牵扯虽多，都是贪腐所牵，空印案也是各地府县官员违反朝廷规制，太祖用法严过，但无伤太祖圣明！陛下不分清白，牵连这么多官员和亲贵，只怕天下难服！”
“朕用法虽猛，但却利于天下！”朱由校的眼神泛起了一丝的伤感，说：“朕这么做都是为了推行新政。你们跟随朕这么多年了，还没感受到推行新政的艰难吗？现在已到了不改必亡，晚改也亡的地步了。朕不想做亡国之君，也不想让祖宗的江山在朕的手里终结。北有女真为患，南有奢崇明叛乱，东南沿海不靖，朝廷武备久弛，内忧外患，处处需要钱粮，国库不丰如何应对？！你们都是内阁辅臣，财政多紧张你不清楚吗？！”
两人无言以对，无话可说。
朱由校越说越激动，“新法利于百姓，利于朝廷，损于官员豪绅，新法已然初见成效，卿等有目共睹，去年一年的税银就是前朝数倍，拖欠官员的薪俸都补齐了，赈灾款项、兵饷都有了着落。再过个几年，国库充实了，朕就能四处用兵靖平海内，实现朕远迈汉唐的宏愿！”
“陛下壮志雄心，是千年难得一遇的雄主。”孙承宗恭维道。
“呵呵，”朱由校不自然的苦笑道：“朕推行新政成功中兴大明就是雄主，失败了，还不如昏君庸主呢！”
朱由校的语气稍微缓和的说：“作为辅臣，你们是一人之下万人之上的重臣，应该站在战略的高度上看待问题，只要国家强盛，社稷稳固，靖平四海，百姓安居乐业丰衣足食，你就是成功的，你高风亮节，两袖清风，如果百姓也跟着你吃糠咽菜，国家外敌不御，社稷不稳，你身居高位有何意义？”
两人动容了，不知如何回答，愣了许久才低头压低了声音，“臣等惭愧。可陛下衣不能如此大开杀戒啊！”
朱由校露出了笑容，“太祖刚猛，何人敢说太祖残暴？朕不及太祖，亦非效仿，不过时势所迫，朕以猛治国，在于猛药治顽疾，朕心系天下安危，不计较个人得失，朕愿为汉武帝，刚毅猛烈中兴大明，绝不学宋神宗有始无终功亏一篑！朕一定会超越太祖！卿也可与范文正齐名！”
“陛下雄心壮志，臣惭愧，陛下打击亲贵太明显，岂不落人口实，对您……”
朱由校摇手打断了他的话，“朕功过是非，自有后人评说，国家受益，百姓受益就是功，迂腐之人才纠结点滴是非，国家大事自然要用非常手段，古往今来千古明君无不手沾血腥，朕不怕后人诟病！这些亲贵们仗着祖上的功劳享受富贵还不知足，非要与国家作对，朕岂能容他们！新政推行他们不是造谣生事就是暗中羁绊，是该清算他们了。朕在此给你们透各实底，日后再无世袭爵位，包括亲王，太祖留给朕的藩王太多了，朕养不起，必须解决！”
这话说到他们俩的心窝离去了，他们早就认为宗室世袭不合理了，嘉靖年间就已经养不起宗室了。
两人终于露出了喜色，拱手敬道：“陛下圣明！这是有利大明千秋万代的事！”
“现在时机还不成熟，朕还不能这么做，两位爱卿要严守此话！关键时刻，朕需要两位爱卿的鼎力相助，当务之急要做好受灾百姓的善后事宜，所需之物皆有朝廷供给，另外命工部核算损毁房屋，朝廷统一修建赔偿百姓。另外严防有人造谣生事，绝不可将事态扩大。”
“臣等明白，臣定当竭心尽力！”两人低身拱手拜道。
“只是，”孙承宗担心的说道：“陛下如此杀伐，只怕他们会拧成一团反对陛下，届时天下官员也会站在他们一边，那时陛下要如何应对？”
“朕自有办法应对，你们就不用问了，下去把你们的事办好就行了。当务之急是稳定百姓，平息这场灾祸。”
“臣遵旨！”
两人心平气和的走出去了，没有先前的不满和要和皇帝争谏地气势了。
朱由校从窗外看着离去的他们，自言自语的叹道：“不是朕无情，是他们不适合时代的生存了，不是朕要杀他们，是历史抛弃了他们！”
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