卢象升兵分两路，神机营也一分二，一路由他亲自率领取到南坪关，截断奢崇明退路，另一路由女将秦良玉率兵直取佛图关，逼近重庆。
有了火炮，川地的险关要害成了摆设，看似天堑，一夫当关万夫莫开的样子，火炮在下面一摆，叛军们就立刻傻眼，大炮一轰，坚固的城墙也抵不住大炮的轮番轰击，几轮炮击下来，城墙已经成了千疮百孔，或是坍塌。叛军们想以攻为守，抢夺火炮，可刚出城还没看清火炮的样子，早就准备好的火枪兵们开始了轮番射击，只见枪响人亡，白白搭进去性命。
秦良玉第一次尝到了火炮和火枪的滋味，那一个爽快，是无法用言语表达的，打了这么多年的仗，就这次最好打，也打的最舒坦，只听炮声和枪声，一个晌午，佛图关的叛军就举白旗投降了。
卢象升也顺利的拿下南坪关，随即，两军一并向重庆进发，合围奢崇明。
奢崇明在同一天得到佛图关和南坪关失陷的消息，顿时变得惊慌失措，在重庆的叛军们也陷入了恐惧之中。
大势已去，他只有三条路可以走了，要么战死，要么到明军中献降，这样就爆竹了他的部下，但他和他的儿子奢寅将会被送往京师处死！还有一条路就是逃跑！
南坪关失陷，回永宁的路被堵死了，只有东向涪陵，然后南下渡过彭水逃进贵州，投靠水西安邦彦。
主意既定，奢崇明在明军未到达重庆时就率余部东逃涪陵。卢象升率兵兵不血刃的进入了重庆，至此，川地各地还未收复的失地可传檄而定。
五月刚过，卢象升的捷报送到了内阁首辅孙承宗的手中，他看过后连连拍案赞誉，短短十几天的时间四川基本平定，奢崇明逃入了贵州。这是一个天大的好消息，多日的勤劳让他这当朝宰相也能笑逐颜开了。
孙承宗即可带着卢象升的捷报进宫，送呈朱由校御览。
朱由校看完奏报，大为畅快，历史上花费十余年平叛奢崇明，今仅需数月便可平定，解决了大明的一块心腹大患！
“卢象升不负朕望！朕的一块心病终于可以落下了。”朱由校眉开眼笑，舒畅的说道。
孙承宗也情不自禁的赞道：“这都是陛下的慧眼识人，能启用卢象升这个俊才，还有陛下的火枪火炮，堪称神器，攻城拔寨，无往不克！我大名军威可横扫天下！”
朱由校“哈哈”仰头大笑，道：“师傅过誉了，再厉害的武器也没有人的智慧厉害，武器再好，也需要人去使用啊！”
“陛下圣明！”
朱由校合上卢象升的奏报，说：“贵州宣慰使安邦彦无视朕的禁令，不从朝廷调令出兵平叛，收容奢崇明，看来他也早有反意，另外他还勾结安南，欲共同抵抗朝廷，为朕所不容！拟旨传与卢象升，连带水西安邦彦一起剿灭，安南想趁火打劫出兵在边境观望。哼！容朕日后算账。命内阁拟一章程，大军平定西南之日，废永宁宣抚使，设永宁府，废贵州宣慰使（水西），设大定、黔西、平远、威宁四府。”
孙承宗叩首领命，朱由校心情畅的快毫不掩饰，说：“朕用兵西南解决大患，顺势改土归流之策得以实施，新法也全面推行，再假以时日，中兴大明指日可待，哈哈……”
“陛下文韬武略，千古罕见明君。”孙承宗俯首恭敬道。
朱由校摆摆手，笑道：“师傅恭维，朕不太受听啊，呵呵……”
孙承宗脸一红，不敢再言语……
…………………………
不足一月，卢象升捷报再度传来，西南平定，奢崇明和安邦彦兵败被杀，叛军余部皆投降。
朱由校大喜，下令嘉奖，通令全国，以示荣耀。并命卢象升移师四川，暂驻军威宁，监视当地苗、彝复叛，助当地建府。调四川秦良玉白杆兵入西南暂驻，威慑安南，巩固贵州防务，为朝廷设立大定、黔西、平远、威宁四府，稳定地方安宁。
在京畿附近的辽民也开始了大规模的踏上了南迁之路。
北方，努尔哈赤苦于消化大片新得之地，恢复元气，暂无进兵之意。
一切看来，大明此刻倒成为难得的平静时期，暂无刀兵，朱由校可以将精力全部投入到税收上了。
转眼间，十月已过，税收工作逐渐完成，全国各地税银陆续送抵京师，户部官员忙的不易乐乎，登记造册，统计各地税银。
十二月间，各地税银送缴户部完毕，侯光远拿着统计报表没有喜色，看着上面的数据一点也让人提不起精神来，次辅徐光启叹气道：“让首辅大人看看吧！”
在内阁，孙承宗眼盯着报表，两手扶案摇头说：“呈圣上御览吧！两位随我一起进宫面圣吧！”
三人面容严峻，没有一丝喜色，怀着复杂的心情进宫。
“呦，三人大人是要觐见圣上啊？”程华祥站在陛阶上看到三位当朝重臣步履极为沉重的迈上来。
孙承宗三人向程化祥拱手相敬：“见过公公，劳烦您老人家通禀。”
“圣上在里面呢，咱家还有要事，三位大人进去吧！咱家就不相陪了。”程化祥再拜，离开了乾清宫。孙承宗三人目送他远去，才跨进宫槛，进入西暖阁觐见朱由校。
朱由校见是他们三人，毫不掩饰自己的喜悦，不等他们三人行礼就笑容满面招手搭话，“三位爱卿来了啦，快进来，”朱由校正在看卢象升传来的奏报，对他们说：“西南改土归流之策顺利实施，又解决朕的一块心病。来，你们也看看。”说着，他把西南奏报递给他们传阅。
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