孙承宗的一声气愤的怒吼，竟把方从哲和韩爌堵的一句话都没有，两人愣愣的无言以对。
“哼！”方从哲气的哼了一声，此刻他不想见孙承宗，转身离开内阁，一边走一边气哼哼的说：“你干你的，我干我的，不管了！”
看着怒气冲冲离开的首辅方从哲，韩爌也极为不高兴的对孙承宗说：“孙阁老，咱们同朝为官，何必呢？说翻脸就翻脸！你是阁臣，也要为朝廷的官员们着想，别忘了，你也有致士的时候！”说完也拂袖离去。
此时内阁只留下孤单影只的孙承宗，他一脸茫然，不知如何是好，所有的人都知道他和皇帝的关系十分密切，几乎应与大臣们成了对立面了。
这是受两头气呀，以防是皇帝的圣旨不能违背，另一方是大臣们的极力反对，这样下去君臣之间的关系肯定紧张，说不定会出现嘉靖年间的“大礼仪之争”的状态。
孙承宗叹了口气，心道：皇上你血气方刚，正是锐意进取的时候，初登大宝不知历程之艰难，希望皇上能顶住这次的**，千万不要向嘉靖爷和万历爷，被大臣们弄的心灰意冷数十年不上朝，否则大明中兴遥遥无期了。
不久，方从哲将皇帝圣旨“封驳”，不予执行，指使六部十三廊科给事中上奏，反对新法。
一场群臣与皇权的针锋相对悄然展开了。
明朝后期，官僚权力开始膨胀，内阁实际权力已超过以往任何的相权，皇帝虽有生杀予夺的大权，但国家行政权力几乎转移到了官僚体系中，让皇帝也感到自己不是万能的了，只能退居幕后做最终决策者。嘉靖的“大礼仪”、万历的“国本之争”，都是皇权与官僚集团的权力争夺。虽然皇帝可以把不听话的大臣们杀掉，但是明朝的官员似乎都不怕死，杀了一批又上来一批，最后连皇帝都杀怕了，不得不妥协。
看到内阁将圣旨“封驳”和六部十三廊科给事中的奏章，朱由校极其愤慨，大怒的将这些奏章统统扔到了地上，怒喊起来：“迂腐之极！朝中大臣怎能有这群无知之人！拿下！将这上奏之人统统拿下！”
程化祥还在下面一一捡起这些被皇帝扔在地上的奏章，忽听皇帝的怒吼，小心翼翼的劝道：“万岁爷，这些都是言官，拿不得。”
“怎么拿不得！着北镇抚司将其下诏狱！”
“万岁爷，我大明祖制，言官上奏不可犯其罪，否则会有损您明君的声誉。当年嘉靖爷杀了几个言官留下诟病，后人对被杀的言官是津津乐道，视为忠臣，万历爷接受这个教训，不敢对言官怎样，也只是避而远之，陛下要三思啊。”
朱由校恼怒未平，听了程化祥的话犹豫了起来，伏案稍息片刻后，原本绷紧的脸色宽松些，低沉道：“把这些奏折都烧了吧，就当没发生过。”朱由校轻轻摇摆了手，程化祥抱着这些奏疏向皇帝鞠了一躬，退下大殿，让一个小太监烧掉。
不能拿人，内阁的“封驳”让朱由校不能忍受，这相当于抗旨，老子下的圣旨你们居然敢退回来，这让哪个皇帝都不舒服，于是朱由校亲书一道圣旨再度发往户部。
同样，圣旨又落入到了内阁，不管皇帝发什么样的圣旨和下面的上书都要经过内阁，这次发往户部的圣旨仍原本的被“封驳”发还。两次“封驳”，让朱由校感到了内阁的力量，这种合法的“抗旨”无疑削减了皇权。朱由校大怒，命程化祥亲自前往内阁传达口谕，训斥内阁不顾江山社稷，存一己之私阻隔新政实施，若要再抗旨不遵，必究其罪！
内阁以首辅方从哲为首，韩爌在侧鼎力支持，另有朝中大多数官员。孙承宗原本与东林党关系密切，如此一来也与东林党关系紧张了，孙承宗、徐光启和他的学生们成了新的一派，都支持皇帝的新政，但人少权轻，尚未站住根基，还处处受人排挤，几乎还没开口说话就让老臣们给淹没了下去。
方从哲、韩爌和孙承宗跪地听训，不过两人一个耳朵进另一个耳朵冒，根本不理会这一茬，铁了心要和皇帝扳下去。孙承宗无奈，虽在内阁却毫无实权，说不上话，且阁议根本就不理会他，都是方从哲和韩爌两人商定决议，把他晾在了一边，来内阁的各部官员基本都不和他打招呼，此刻他已几乎被架空了。
如此，朱由校连发三道圣旨都被内阁“封驳”，六部十三廊科给事中再度上书，一连两天的时间都在这上面计较起来，惹的朱由校咆哮大怒。
老子时间有限，哪有时间跟你们掰扯这些！朱由校手拿三道被封驳的圣旨，举起在程化祥面前摇晃怒不可遏，气的近乎嘶哑的咆哮，“方从哲这个老混蛋，将他贬谪滚回老家去！”
“他是首辅啊！”程化祥紧张不安的劝道，眼睛闪烁着惊色。
“朕还是天子！”朱由校怒喊，“啪”，一拍桌子，“你去不去？！难道你也要抗旨不成！”
“是……老奴这就去。”程化祥紧张不安的一溜小跑到出传旨。
在内阁还在自得以为能稳操胜券，让皇帝收回旨意的方从哲和韩爌品茶论道，忽见程化祥满头大汗的跑进来，气喘吁吁的对他们宣旨。两人见到程化祥狼狈的样子还以为是皇帝回心转意，内心正高兴着呢，腆着笑意爽快的跪下接旨。程化祥上气不接下气的一张嘴，让两人一下子冰到了低谷。宣完旨，两人已目瞪口呆，无言以对，方从哲更是久跪不起，一片茫然不知所措。
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