不过当皇太极了解到这次孔有德是把他们家属全部带在身边来投降的，也证实了这次是真实的投降行动后，皇太极是大喜过望，他亲自在盛京（即现在的沈阳）城外迎接孔有德、耿仲明。
孔有德这次投降的人数有一万零三百多叛军及其家属（其中战斗部队三千一百人），孔有德投降后，他的部队被改编为汉八旗，但番号却不是“尼堪超哈”（汉兵）而是“乌珍超哈”（火器兵），这足以看出皇太极对这支部队的另眼相看。
但最令后金高兴的是，孔有德带来了至少二十门葡萄牙澳门造炮局原装的西洋大炮和大量明朝自造的小炮、鹰铳和火铳，还有大量的由葡萄牙军事顾问所直接传授，弹药制造技术以及瞄准知识与仪器操作的军事技术人才。
与一般现代人所了解的不同的是，在清朝建国之前，后金军对于火器是相当重视的。作为一个战争民族，他们怎么会对火器这种军国利器视而不见呢？之所以后金军中没有广泛的使用火器，无非是他们在火器的人才和技术上太缺乏了。
不过在皇太极的督促和重视下，在大凌河城战役中，为了阻击救援的明军，由早期投降后金的汉人武官佟养性仿制的西洋大炮，第一次投入了战场，后金军队的一个崭新的战术——炮骑合击，开始初露端倪。
但是仿制的火炮到底威力太小，后金军中会使用火炮的兵丁也太少。可这次得到了孔有德叛军的加强，后金军野战，尤其是攻城战的战斗力提高了不止一个等级。
不仅如此，海战是后金最欠缺的地方，而孔有德带来了大量的战船，使后金也建立了自己的海军，他们可以凭船运炮使他们可以绕过山海关，在明朝沿海任何一个地方登陆。
因此可以这么说，孔有德叛军的投降，使得后金军补上了自己身上的最后一块短板。
而在投降三个月后，孔有德就迫不及待的要求在后金军进攻皮岛、旅顺的战役中，充当马前卒。在汉奸党的领路之下，旅顺失陷总兵黄龙自杀，孔有德算是报了被海上追杀的一箭之仇，也算是交上了自己的入伙投名状。
同时在此役中，他还策反了山东三矿徒的第三个人尚可喜。这样山东三矿徒——孔有德、耿仲明、尚可喜全部投降后金。至此，皇太极通过连续的招降纳叛，他的的汉兵部队已经有了相当大的规模，可以这么说，此时与明朝对抗的已经不仅是满族（女真），而是整个东北地区以满族为首的各民族的武人集团。
更由于皇太极对于孔有德他们优厚的待遇，起到了千金买马的作用，以致于在今后与后金军的作战中，明军多了一条投降后军的新出路。由此可以看出，从人物的本身来说，皇太极的眼光和个人气度，完全称得上是雄才大略。
自此，历时十八个月孔有德叛乱结束。虽然明朝平息了叛乱，并在太庙举行了盛大的献俘仪式，将李应元、毛承禄两个匪酋凌迟处死，算是给连战连败的帝国打了一针强心剂。
但明朝的登莱两州，这个辽东前线的后勤练兵基地，被叛军捣了个稀巴烂，也给近在京畿的山东地区带来杀人十余万、残破三百里的恶果。尤其是登州城，只留下了五百多名做军妓的年轻女子，完全就是变成了一座鬼城。而且数位朝廷封疆大吏和大批地方官员被杀。同时，叛乱的两个首犯都没有落网。
但是，还算是幸运，吴世恭这个蝴蝶翅膀终于微微地扇动了一下。在原来的历史上，孔有德投靠后金可有一万二千多叛军及其家属，其中战斗部队三千六百人。虽然这些改变似乎有些微不足道，但起码后金的实力有了一些耗损了。
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