面对着不利的局面，但他还是雷厉风行，在短短时间内办成了件大事，将部院大臣不称职者都已尽数撤换，总算是理出了头绪。
永乐皇帝定都北京后，钦定百官依职掌权力划分，共有九大衙门，九小衙门。九大衙门是吏、户、礼、兵、刑、工六部加上都察院、通政司和大理寺；九小衙门依次是詹事府、太常寺、太仆寺、光禄寺、鸿胪寺、翰林院、国子监、尚宝司和苑马寺。
九大衙门的掌印者，习惯上称为大九卿。九小衙门的主管，俗称小九卿。这十八衙门组成了一个完整的中央政府管理机构。所谓内阁首辅，自孝宗时代起，实际上就是代表皇上，通过这十八个衙门行使管理国家的权力。
任何首辅上任要做的第一件事，就是治理整顿这十八个衙门，物色堂官人选，李东阳也不例外。不过，不同于其他首辅的是，他并不满足于把这些衙门的堂官尽数换成自己的亲信，而是希望这些衙门能真正做到各尽其责担负起管理国家的重任。
因此上任之初，他就表明“不以己之好恶决定用人取舍，而是依据才能推荐部院人选”，尽管他这么表态，但却没有几个人相信他真的会如此去做。
李东阳久居内阁，岂会不知，他对官场的种种龌龊心态早就了然于胸。多年来京城官场中就流传着四句顺口溜：“大九卿有大九九，小九卿有小九九，十八衙门朝南开，堂官跟着首辅走。”短短二十八字可谓绝妙地道出了官场痼疾。
弘治十一年，李东阳入阁之初，就曾暗下决心，有朝一日如果天遂人愿登上首辅之位，就一定要根除这种积弊。
所有大臣忠诚于皇上，听命于朝廷，本是臣道职守无可厚非，但不能容忍的是大臣们都有自己的小算盘，这样势必会造成结党营私、沽权售利的混乱局面。
长此下去，不仅皇上的威福是一句空话，就是天下黎民百姓举头祈盼的国家昌隆的盛世也不过是镜花水月而已。
以上这一番思虑，李东阳这些年来，不知道在心里头琢磨了多少次。他一次次想觐见皇上，把这些朝廷大政官场弊端说给皇上听，但取笔写帖时，他又有些犹豫着停顿下来。这些年，皇上威权日胜，毕竟也在揽权。会不会因此怀疑他的动机，认为内阁是要揽权呢？
不过担任首辅一个月来，一些部门推诿和刁难的遭遇，还是让他下定了决心。昨天下午，李东阳最终还是上了这道《奏请刷新吏治整顿颓风疏》的奏折，呈请皇帝批准实施。
今天皇帝一大早就单独召见自己问对，李东阳觉得自己是拿出自己政见的时候了。于是抚了抚长须，掏肝剐胆作了长篇陈述：
“皇上大概也曾耳闻臣接任首辅以后的种种遭遇了，我想皇上应该在例朝时升座一问，在京各衙门、各省府州县的命官都在干些什么？内阁换了人，怎么就会出现这么多麻烦呢？
臣在官场待了三十多年，身历三朝，眼见仕宦风气江河日下，常常痛心疾首，每至深夜辗转反侧难以入眠。
正统一朝，宪庙因笃信斋醮，以少年天子，怠于政事，与掖庭嫔妃以至侍女宫婢。淫乐无度。大学士万安迎合帝意，进献媚药及房中术。都御史李实、给事中张善等谏诤风纪之臣，也向宪宗献房中秘方求官。僧人继晓因内宦之介，向宪宗进秘术，得为国师。
江西南昌人布政司吏李孜省因贪赃事藏匿，习五雷法术，结纳内宦梁芳等向宪宗进上道家符篆及淫邪方术，特授上林苑监，进至通政使。李孜省与万安、僧继晓及内宦梁芳等相互结纳，操纵官员进退，朝野侧目。
洪武永乐一脉开创的大明气象，清廉为本奉公惟谨的士林风气，在正统一朝几乎丧失殆尽。宪庙好修玄，好祥瑞，好变异，万安投其所好，每天捏造许多祥瑞变异之事呈报大内。各地官员纷纷回应，什么猪变麒麟、鸡变凤凰、黄河鲤鱼口中吐出九条青龙等等旷世奇闻，都成了驿路快报。
督抚大臣献符争宠，贺表塞路星驰京师。宪庙一高兴，便会给这些造谣以惑圣听的官员升官晋爵。长此以往，幸门大开。忠恳之士，每见放逐；淫巧之人，屡得便宜。以致江淮水患疏于治理，赋税积欠无人追缴。两京大僚尸位素餐，以奢靡为尚；地方官吏盘剥小民，以搜财为工。
所幸皇上入承大统后。天下振奋，万民拥戴。皇上嗣位之初，也曾挽振颓风，刷新吏治，重树洪武皇帝亲手创建的纲常教令。奈何积弊太深，人心坏朽，皇上虽英姿天纵宵衣旰食，也难以毕其功于一役。通政司的邸报至今还会出现一些怪诞的条陈，这都是正统遗风。
臣自从出任首辅后，处处受人掣肘，政令不畅，吏治颓风可见一斑。若不正本清源拨乱反正，清理官场风气，制定一套完整的官员考察制度，终究不能根治这种人浮于事的蔽端。”
李东阳说到这里，觉得口干，便停下来喝了几口茶。他的这番话本是昨日就想好了的，所以说起来条分缕析，大有振聋发聩余音绕梁的功效。朱祐樘频频点头。
李东阳仍沉浸在激昂慷慨的情绪中，顾自说道：“皇上，臣方才所作陈述，都是思考了多年的肺腑之言，不妥之处，还望皇上指教。”
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