在神奇宝贝研究学院重新遇到小智等人，智辉就算是想把他们甩开，也暂时没有机会，只好等着到枯叶市，再把小智甩开。
不过带着小智，智辉也的确感觉到了一丢丢的不方便。
遇到好的神奇宝贝，不好意思跟弟弟抢。
然后这一路上吧，还真就遇上了几只好的神奇宝贝。
不是别的，就是动画里的妙蛙种子、小火龙、杰尼龟，小智的元老御三家，后期战斗力，一个比一个过分，智辉看的心动，可是结果，自然是一只都没抓地给了小智这个到现在都还没有凑齐六只神奇宝贝的家伙。
不过，因为智辉加入的缘故，剧情还是发生了不小的变化，动画里，小智收服了杰尼龟军团的老大，然后剩下四只留在当地成立杰尼龟消防队。
可是因为智辉插一手的缘故，老大还是给小智收服了，可是剩下四只也没留下来，小霞小刚各要一只，小次郎也手快地抢了一只，最后一只，送给科拿了。
你说，为什么智辉不收服啊？
杰尼龟老大，江湖方丈哥一心跟着小智，你让智辉收他手下，以后两兄弟比试，各自放出神奇宝贝，然后智辉的杰尼龟还没打，就先敬个礼，鞠个躬，说声老大好？
那样子，智辉这个做哥的面子在哪里？
果断放弃，以后如果想要的话，再去橘子群岛的水箭龟王国抓一只卡咪龟不更靠谱？
一路上走走停停的，一行人总算是走到了正辉灯塔。
“哥，这就是你目的地啊？正辉博士，是个怎么样的博士啊？很厉害吗？”小智道。
“厉害当然厉害，能当的上博士这两个字的，就没有差的，至于这个人怎么样吗？你见了面就知道了。”智辉想起正辉的特殊爱好，表情古怪道。
走到灯塔前面，智辉朝站在门口和里面的正辉通信，大门自动打开，一群人走入其中，第一次来的小智三人组好奇地东看看西看看，紧接着高台上忽然一道光芒爆发，一个一人高的化石盔坐在上面。
“这是什么神奇宝贝啊？”小智一脸惊讶道。
“这是化石神奇宝贝化石盔吧，相传不是已经灭绝了吗？”小刚也惊讶道。
“以后你们多走走就会发现化石盔这玩意，其实压根儿没灭绝，另外这货也不是化石盔。”智辉表情古怪地看着“化石盔”道，“正辉，你这cosplay的爱好还没有玩腻啊。”
“什么cosplay，我这是用神奇宝贝的方式生活，然后用心体验神奇宝贝。”高台上的化石盔也就是正辉反驳道。
“穿上神奇宝贝的皮套就是用神奇宝贝的方式生活啦？别开玩笑啦，另外，你每次穿皮套容易，脱下来难，现在坐在上面没动，是不是脱不下来了？”智辉一副看透你的表情。
“知道了，就快点上来帮我，解开皮套的按钮在背后，化石盔的手伸不到。”正辉道，虽然是求人帮忙，但显然没有求人的态度。
“我真的很好奇，你平时一个人到底是怎么活下来的。”智辉一边埋怨着，一边到上面帮正辉解开皮套。
“正常活下来咯，还有智辉，我厨房里还有些面，你能不能帮我做份炒面啊，被困在皮套里面这么久，我肚子有点饿了。”正辉道。
“你这家伙是把我当保姆了吧。”智辉嫌弃地看了眼正辉，然后熟门熟路地走向厨房，准备做饭。
“小智，智辉大哥对神奇宝贝研究学院很熟悉，对这里好像也很熟悉，你知道他到底熟悉多少个地方吗？”小霞看着智辉熟练的行动，忍不住偷偷问小智道。
“这个，我也不知道诶。”小智尴尬道，他就忙着和小茂斗嘴了，别的事情，真没怎么观察。
小霞一副绝望表情，心里暗暗发狠，以后有事都不问小智，反正都是毫无意义的。
“你就是智辉的弟弟小智吧，看来你哥还真不炫耀，就让我来给你说说你哥在关东学术界的地位吧，从这里越过白银山到达城都地区尽头，所有的博士都是你哥的朋友，基本上你报上一句，你哥是智辉，看在你哥哥的面子上，大家都会给你提供一定的帮助。”正辉道。
“我哥（智辉大哥）这么厉害的吗？”小智三人组难以置信地看着正辉道。
“没错，其实也不止是关东和成都，还有芳缘、神奥这些地方，智辉也很熟，只不过没有这边这么密切而已。”科拿道。
“原来智辉大哥这么厉害的。”小刚一脸崇拜道。
“关都学术界上，老一辈最权威的是大木博士，而年轻一辈的领军人物就是你哥哥智辉。说起来，他明明是我学弟来着，现在研究上比我的强些，而且全面的过分，从妖精属性，到神奇宝贝进化，再到人与神奇宝贝和谐相处，最后还研究古代神奇宝贝。”正辉抱怨道。
“那还不是因为你成天研究那个神秘的神奇宝贝，差点完不成联盟每年规定的要求。”智辉的声音从厨房里响起。
“那是一只独一无二的神奇宝贝，就算等上十年，我也要等到他。”正辉兴奋道，“这个星球形成大概有四十六亿年，关都地区发现已知的有一百五十只神奇宝贝，但是还有无数不为人知的神奇宝贝，作为研究者，我们的使命要把它研究出来。”
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