按照团藏的安排，鸣人先回家准备了一些日常用的东西，随后就赶往暗部团藏的地方。原本以为团藏会带鸣人到暗部的某一个角落里面去，没想到并不是这样的，团藏只是叫鸣人到暗部和他汇合。见鸣人来了之后，团藏一句话也没说，转身就走。鸣人也没有说话，紧紧跟在团藏身后。没想到团藏带着鸣人穿过木叶村，一路还见到不少熟人，好在面具之下认不出是鸣人。很快两人就来到了村口，作为团藏不需要什么理由就可以自由的离开木叶村。
团藏带着鸣人进入了一片树林，虽然和木叶村不是太远，但是很少有人会来这里，两人一前一后跑了一段时间后，团藏在一块石头前停下来了。只见团藏开始结印，很快石头挪开，露出了一个漆黑的地道入口。团藏很快就跳进去了，鸣人也紧随其后。虽然在外面看上去里面很黑，但是其实只有入口处有些黑暗，里面的灯光照的四处通明。鸣人走进这座秘密据点，不得不感叹里面的空间之大，简直可以说是另一个暗部。一眼看过去首先是一个很大的大厅，大厅分为三层，从大厅通过去的还有好几条走廊，每条走廊过去都有几十个房间，每个房间都有不同的作用。里面粗略看去有不下两百名工作人员，每个人都在进行着各种研究。
这样的基地鸣人之前从来没有见过，第一次见到，不得不对团藏另眼相看，鸣人道：“想不到团藏前辈还有一个这么大的基地，真让人震撼。”
团藏道：“之前大蛇丸在的时候这里更热闹，所从事的研究也更深入，可是三代火影太迂腐了，直接赶走了大蛇丸，现在这里也很少用活人来做实验了，研究的深度也大不如前。”
鸣人也仔细观察了一下，确实这样的基地可以容纳更多的工作人员，只是可能大蛇丸的事情发生之后团藏也怕出事吧。所以，大部分用活人来做实验的项目都停下来了。
鸣人道：“那什么时候给我移植初代火影的细胞？”
团藏道：“你不要急，在这之前需要大量的准备工作，确保移植成功的可能性更大。”
鸣人也知道移植初代的细胞绝对不是一件简单的事情，既然还要准备一段时间那不妨就先多参观一下团藏的基地。不知道为什么，看着团藏的这个基地，鸣人突然产生了一个自己的想法，自己也要建立一个这样的基地，至于作用嘛暂时先不管，等以后需要的时候肯定会有大用。而这样的基地不是一时半会儿就可以建设好的，必需要慢慢来。
鸣人正想着，一个女忍者来到团藏面前道：“团藏大人，手术已经准备好了，随时可以进行手术。”
鸣人转身看去，这个女忍者很显然就是一个不错的医疗忍者，就算不如纲手，医疗忍术应该也不会差，看来团藏的实力还真是不错呢。
在这名医疗忍者的带领下，鸣人来到了一个有大量医疗设备的手术室，手术室里面还有好几名医疗忍者，看样子都是来帮鸣人进行手术的。
只听那名女忍者对团藏道：“团藏大人，为了安全起见，我们还是先进行小部分的移植，如果不能成功，可以迅速控制住，以免被初代的细胞吞噬。”
团藏道：“好，就按你说的办。”
经过一番准备，动用了几台鸣人不知道是什么东西的仪器，手术就开始了。首先将鸣人手指上的一小部分切下来，然后开始融入初代火影的细胞，那名医疗忍者也开始结印，输入查克拉促进细胞的融合。原本融合初代的细胞总会有一些排斥，比如团藏也有一只手是初代的细胞，但是团藏也必需用自己的查克拉进行压制，不过这种程度也可以说是融合的不错的了。
虽然只是一小部分，但是鸣人几乎感觉不到有多大的排斥反应，这一部分初代的细胞和鸣人得到了很好的融合。进行手术的医疗忍者也感觉很奇怪，几乎没有人可以这么轻松的融合初代的细胞，这么一来的话手术的难度就降低很多了，初步的手术得到成功，接下来就是整体的融合了。
那名女医疗忍者开始询问鸣人要采取什么样的融合方式。通过一番了解，大概有两种方式：一种是融合部分的身体，比如一只手或者一只脚，另一种是类似大和的那种整体融合的方式，不过第二种方式的风险会更大。
如果不是初代细胞和自己前所未有的契合，鸣人肯定会选择第一种方式，但是现在鸣人想挑战一下第二种。
于是，鸣人被装进一个装满液体的容器，身上接了一些鸣人不知道什么作用的管子，同时也不知道液体里面是什么东西。不过按照团藏的说法，他们一直在完善这样的一个融合方式，技术水平比大和那时好多了。
虽然不知道手术具体是什么原理，但是鸣人能够清晰的感觉到，初代的力量正在不断的进入自己的身体，但是并没有多大的排斥，相反的产生了极大的共鸣，随着融合的不断进行，鸣人可以感觉到初代的力量越来越强大，这是一种生命的力量，而鸣人并没有感觉到多少痛苦。
随着时间的不断推移，融合也渐渐步入尾声，团藏从来没有见过有人可以这么轻松的融合初代的细胞，而且看上去根本不需要用自己的力量去压制，虽然不知道具体的效果，但是感觉比大和还要成功。这么成功的融合，对于团藏来说也是一个意外了。
不只是团藏，连鸣人自己也觉得奇怪，融合初代火影千手柱间的细胞的人有好几个，其中多数是融合部分身体的，类似大和的融合方式基本上都死掉了，就是大和自己融合的程度也不是很高，只能使用威力不是特别大的一些木遁。为什么自己融合的程度能够这么高，融合得又这么容易呢？
鸣人突然想到，自己和千手柱间都是阿修罗的转生者，柱间的力量从很大程度上来讲可以说是阿修罗的力量，而旋涡一族和千手一族也是有血缘关系的，多个方面来看鸣人和柱间都惊人的相似，难怪可以这么轻易的融合柱间的细胞。
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