正统十六年六月初，李云天乘坐明扬号三桅战船抵达釜山军港。
此时，釜山已经成为了一个巨大的军营，李云天接到正统帝征讨倭国的圣旨后就开始调兵遣将全力备战，准备兵分、东西两路，从宁波港和釜山港齐头并进。
与宁波港相比，釜山港距离倭国更近，有利于明军跨海发动进攻以及物资的补给，是大明此次东征倭国的重要中转站和补给基地。
明军频繁调动的同时，倭国内部处于僵持之势的东军和西军并没有把对马岛的倭寇被明军剿灭一事放在心上，他们现在的精力都放在了如何击败对方上面，根本就无暇顾及对马岛上的事情。
因此，无论是细川胜元还是山名持丰都没有意识到对马岛倭寇被剿一事对他们而言是一个非常危险的信号，孤悬海外的对马岛对两人来说没有任何价值，并不认为大明会因为几名倭寇就要与倭国作战，要知道倭国当年可是两次打败了前来进剿的蒙元大军。
尤为重要的是，倭国资源贫瘠，穷困不堪，大明根本就没有必要夺下倭国，进而把这个“包袱”背在身上。
经过这些年的交战，东军和西军阵营的大名已经筋疲力尽，处于了僵持阶段，双方所属大名遍布倭国四岛，势力犬牙交错。
在双方交战初期，细川胜元派的畠山政长和山名持丰派的畠山义就之间围绕家督继承权的斗争激化，幕府将军足利义仁在家督问题上的反复无常无疑对两派的对立起到了火上浇油。
后来，畠山义就被足利义仁放逐，其兄弟畠山政长继承了畠山家总领一职。
不过在山名持丰的支持下，足利义仁在将军邸的花之御所赦免了畠山义就，于是畠山义政向畠山政长讨伐，想要夺回家督大权。
因此，畠山家于正月按惯例到管领邸的活动被中止，同年在山名持丰的府邸举行的酒宴上，足利义仁承认畠山义就是畠山家的总领。
就在事情的风口浪尖，畠山政长突然辞任畠山家管领一职，下一任管领是山名持丰派的斯波义廉。
细川胜元去找足利义仁，尝试说服足利义仁签署畠山义就的追讨令，但是此事败露被山名持丰知晓，故而山名持丰希望利用这次有利的政局来击垮细川胜元。
于是，山名持丰召集了与之结盟的守护大名的士兵包围了将军府，希望足利义仁放逐细川胜元。
足利义仁希望山名持丰能允许在将军府的畠山政长和细川胜元离开，但没有承认要放逐细川胜元，这使得山名持丰派的大名感到不满，于是畠山义就趁着畠山政长离开将军府发动攻击。
畠山政长于是向细川胜元求援，细川胜元于是召集京都的同盟守护大名的士兵进行了反击。
在细川胜元的支持下，畠山政长率兵在上御灵社布阵，足利义仁得知畠山家内斗后曾经尝试禁止，山名持丰让后土御门天皇和后花园上皇到室町亭避难。
畠山政长和畠山义就的战争宣告着倭国正式陷入军阀混战时期，以细川胜元和山名持丰为首的大名拉开了乱世混战的帷幕。
而后，细川胜元从领地四国的九个国家集结兵力，令赤松政则从播磨进攻山名持丰的领地。
不仅如此，细川胜元和山名持丰阵营的人在京都也爆发了激烈的冲突，幕府将军足利义仁曾经尝试调停但最终失败。
细川胜元方面有斯波义敏、畠山政长、赤松政则、京极持清等，大本营在将军驻地幕府，称东军。
山名持丰方面有斯波义廉、畠山义就、一色义直、六角高赖等，大本营在幕府以西的山名持丰邸，称西军。
由倭国的北陆到信越、东海、九州筑前、丰后、豊前的大半、关东地方、东北以及九州部份地区的大名都卷入了其中。
最初，号称官军的东军将西军从内里和花的御所周边驱逐，不过西军很快就集结兵力与那个对，两军展开了激烈的战斗，最终不分胜负。
此后京都地区的战斗进入胶着状态，战乱逐渐波及地方。
战争中，东军控制幕府将军足利义仁、后土御门天皇和后花园上皇，西军则控制义视和南朝的后龟山天皇之重孙，双方均以自己为正统，称对方为贼军。
后来发生了一件大事，依附于细川胜元的足利义元突然离开东军并逃到伊势国投靠北畠教具。
足利义元之所以离开的原因是担任足利义元和足利义仁的细川胜元倾向于废足利义元继承人的地位而立足利义尚为将军，没有履行把将军职位让位给足利义元的承诺。
足利义元在伊势国待了一段时间，后来在细川胜元和足利义仁的游说下返回东军，但又再次逃走到比睿山。
这给了西军一个机会，西军热烈欢迎被拥戴为“新将军”的足利义元，以与东军对抗，使得战斗更加复杂。
长期的战乱以与盗贼横行使京都市街地荒废，由于地方守护大名的介入使战线拉长，这导致东、西军的厌战气氛增大。
在李云天看来，这场东、西军之间的战斗意味着倭国旧势力的没落以及新兴势力的抬头，从镰仓时代后期开始，以名门武家、公家为首的旧势力不断被随生产力上升而壮大的国人、商人农民等取代已有权益。
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