这或许是倭国历史上最黑暗的一段日子，也是大明在对外战争中表现的最是凶残的一次。
几乎将近三分之一的倭国人在此次战争中被屠灭，也正是从此时开始，大明这个国度，在倭国眼里将不再是一个仁慈可欺也很向往的国度，而是一个仇恨且又惧怕的国度。
当然，朱由校是不在乎这些倭国人是怎么看待大明的，甚至在朱由校看来，与其让这些倭国人明着崇拜其实垂涎大明，倒不如让他一直记恨大明。
禁卫军和边军的士兵此时已然完全无视了国内的军纪，将他们最暴戾的一面表现了出来，如同后世倭国人对待华夏人一样，刺刀毫不犹豫地刺进了倭国人的胸膛，有时候也懒得用刺刀，便直接用毒气弹让整个村落的倭国人倒毙。
禁卫军和边军所经过的地方唯一还幸存的倭国人就只有年轻貌美的女子，能为她们保得性命的不仅仅是因为她们那小巧玲珑的身材和那娇媚的脸蛋，还有那温人的秉性与可堪任意蹂躏的含情脉脉。
倭国的武士和大名们的确已经愤怒了，他们的战斗意志已然被点燃，德川幕府也不得不站了出来，表明要与大明的军队死战到底并痛斥大明军队的暴行。
而在这个时代，没有国际组织，也没有其他可以利用的超级大国，即便再雄心壮志，倭国也不得不面临倾覆之灾。
更何况，倭国还没有所谓的战略大纵深，海上已经被大明的各大海军舰队控制住，而本可以作为依仗的西洋番也被大明驱赶出了大明海域，如今整个南洋已没有任何一支舰队敢与大明抗衡。
此次针对倭国的战争，朱由校没有安排总指挥者，只是禁卫军第一军总兵官常延龄由长门进入石见、出零、伯耆等地为线沿着本州岛由北向南扫荡，而禁卫军第三军则沿着周防、安芸等地前进，由南向北扫荡。
边军赵率教所部则南下肥后、日向等地，扫荡整个九州全境，而边军周遇吉部则扫荡土佐、伊予等地即现在的四国岛，边军满桂部则联合海军直接前往现已被倭国占据的虾夷岛。
常延龄倒对女色没有多么迷恋，才初尝了几个倭国少女后，他便觉得意兴阑珊，没有扬州瘦马懂得取媚撒娇，除了在床榻之间叫的极欢以外，却无半点挑战意味，于是常延龄便更多的兴趣放在杀人上，主帅如此，第一军的其他官兵也深受其影响，因而在第一军行进的路途中，更多的是血流成河，而不是娇滴婉转。
与之相反的则是禁卫军第三军富大海，富大海虽然有些肥胖，皮肤白净，但人却是比西门庆还要好0色，再加上常年征战和训练，倒也训练了一副好体魄，他麾下的官兵也是如此，仿佛是好几年没碰过女人似的，见到倭国女人就迈不开腿，也更压制不了第三条腿，所以在他第三军行进的路途中，被他们糟蹋的倭国女人不少，播下种子无数，也挥射了不少子孙，甚至，在多年以后，皇家科学院做研究时发现这一带的新生居民与大明百姓的基因相似度最高，只是不知道这里面有多少是第三军官兵的后代。
赵率教则是喜欢砍人头比赛，还为此制订了许多的评比规则，比如每斩杀一百个倭国人就能获得多少倭国女人伺候等等，对于这种娱乐性的比赛，赵率教是乐此不彼，而正因为他的暴行，整个倭国的九州岛是哀嚎一片，寒鸦密集。
周遇吉倒是颇具艺术家的天分，喜欢筑造京观，每屠一城就必筑一京观，且一定要比前一京观更大更壮观。
满桂所部和海军陆战队则喜欢挑唆当地被倭国人欺压的阿伊努人族群里的小孩去开枪枪毙日本武士，甚至专门找老弱妇孺对倭国人下手，以他们说法，是要重新伸张正义，让他们学会自己报仇。
总之，大明军队各部在倭国的表现是各有特色，但都是本着消灭倭国人的军事任务在完成，虽然在后来被无数守旧派或者提倡宽仁为怀的人痛斥过他们的行为是泯灭人性，但他们的确让倭国人付出了惨重的代价，也让倭国人再一次深刻的认识到天朝上国最恐怖的一面。
按照兵部指示，在三个月后，禁卫军第一军与第三军需在倭国（避免敏感词，没有直接称日本）京都一代会师，并以此作为对倭国大扫荡的最后阶段，即要彻底摧毁倭国京都城，缉拿倭国天皇和德川幕府现任将军德川家光。
因而，大明军队在倭国的暴行之消息大部分都集中到了倭国京都。此时的京都既是人心惶惶也有许多狂热的倭国武士扬言要殊死抵抗，与大明军队进行最后的血战。
德川家光此时也尽最大的努力去激励着自己的部下，他甚至还亲自见了天皇并发誓自己将要死守京都，为倭国拼尽最后一滴血云云。然而，只有他自己知道他自己的心理其实是没底的。
德川家光为了不让自己的幕府统治因大明的暴行与侵略而被动摇，他在一面鼓励将士做好破釜沉舟的主笔的同时还派出密使联络上禁卫军第三军的人，将信传递给大明，并希冀自己可以通过割让领地或者赔偿财产亦或是俯首称臣的方式得到大明皇帝陛下朱由校的原谅。
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