在福建，能够改动炮位的船厂只有郑芝龙在老家石井乡建造的船厂。现在这个船厂已经被刘二愣的人控制起来，孙传庭需要到船厂改动炮位，完全没必要把澎湖的重炮带走。
新增了四艘中型舰船，孙传庭自然想尽快令新船投入战斗，把岛上的事务全部交给林士杰，又叮嘱了一番应该注意的事项，孙传庭当即率领船队返回福建。
澎湖距离福建近四百里，孙传庭的舰队全速航行要大半天才能到达。
当孙传庭的舰队赶到金门岛之时，却见海边一片狼藉，无数船板，死尸在海上漂浮，显见这里刚刚发生了一场惨烈的战斗。
见此情景，孙传庭大惊。
金门岛地理位置极其关键，一旦金门丢失，则泉州，漳州两府几个出海口尽在郑芝龙的攻击范围之内，郑芝龙随时随地可以从金门出兵攻击这些地方。而朝廷的舰队无法跟郑芝龙抗衡，灭不掉郑芝龙的船队就没有办法攻击金门的驻岛部队。
说实话，孙传庭一直没想明白金门这么重要的地方，郑芝龙为什么会轻易放弃，孙传庭相信金门岛原先驻守的人一定是郑芝龙最得力的亲信。
唯一的解释就是郑芝龙并不想造反，当朝廷派人就任金门守备的时候，郑芝龙的人不敢违背朝廷的命令。
眼见岛外沿海一片狼藉，而岛内却悄无声息，孙传庭大急，这时哪里还顾得上到石井船厂改装船只，先弄清金门的状况要紧。
孙传庭急命舰队向金门岛靠近，并作出攻击之势。
不过当孙传庭的舰队接近金门岛不久，就从千里镜看到岛上有官兵在岸边布防，孙传庭一颗心这才放了下来。
既知金门岛尚在掌握之中，孙传庭当即下令士兵登岛。
显然，在孙传庭看到岛上的官兵之时，岛上的人也认出孙传庭的旗舰，因此，岛上的官兵迅速解除警戒，并在岸边列队迎接。
等孙传庭的旗舰靠岸，从船上走下之时，金门守备肖义已经带着一众士兵列好队形。
见孙传庭下船，肖义急忙上前见礼：“卑职肖义参见督帅。
眼见肖义一脸疲惫，士兵们也是满脸倦容，孙传庭摆手止住众人行礼。
“出了什么事情？”孙传庭问道。
“回督帅，昨天郑芝龙部率船偷袭，卑职带领众兄弟跟逆贼打了一夜，今日一早，逆贼又增援了一支舰队，卑职虽予敌以重创，奈何炮弹已尽，只好放敌进岛近战。仗着武器犀利，众军奋勇，总算是把逆贼击退。”肖义说道。
孙传庭点点头，肖义虽然说得轻描淡写，但是看海边的情形，便知此仗打得定然惨烈无比。
在众士兵身上扫了一圈，孙传庭大声说道：“兄弟们都辛苦了，想来这一夜不曾休息，你们先回去歇息，我派人暂替你们布防。”
“多谢督帅体恤！”众士兵大声道。
孙传庭摆摆手，命士兵回去休息，随即吩咐船上的士兵接替防务。
见孙传庭亦是面带疲惫，肖义忙道：“督帅，请随我到守备府歇息一下吧！”
孙传庭点点头，肖义急忙头前带路。
到了守备府，肖义命人奉茶。
孙传庭接过茶杯，看向肖义道：“昨夜一战，我军损失多少？”
肖义闻听顿时黯然，沉默了一会儿方道：“金门驻军共有一千七百多人，现今只剩下不足千人了。”
孙传庭默默点了点头，若不是岛上有五百人是孙猛和刘二愣调来的精锐部队，金门岛恐怕早就被攻下来了，打了一天一夜，损失不足千人，这个战损还是可以接受的。
见孙传庭不语，肖义说道：“禀督帅，其实卑职能击退逆贼，并非岛上官兵之功。”
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