德川幕府建立后，很快就又恢复了日本对琉球的控制，此时的明朝却陷入了风雨飘摇的境地，东北女真势力崛起，西北农民起义不断，已经无法顾及到琉球了。
但是德川家康是一个很谨慎的人，他吸取了丰臣秀吉入侵朝鲜，最终在明朝的打击下丧失政权的教训，尽可能不触怒中国大陆，所以他不是直接吞并琉球，而是派邻近琉球王国的鹿儿岛萨摩藩岛津家九率领三千士兵入侵琉球，俘虏琉球王，最后派兵监督琉球内政达四十五年。
后来满清建立，继承了明朝的宗藩制度，再次对琉球国王进行册封，日本德川幕府也不想得罪满清，继续允许琉球向满清朝贡，这就形成了琉球近代的政治现状，分别向日本和中国纳贡臣服。
论实际的控制力上，日本对琉球的控制显然更有力。
但现在有一个问题，日本对琉球的控制，学习的也基本上是中国那一套，也是从春秋战国事情的周天子和诸侯关系诞生出来的宗藩体系，称臣纳贡而已，琉球还能以一个国家的形态继续跟国际社会保持关系。
西方列强进入东亚之后，英美法俄等国都先后跟琉球签订过通商协议，因此在国际上，琉球可以说还是一个独立国家。因为这个事实，朱敬伦觉得非常有手脚能做。
日本上次侵犯台湾，打的借口是台湾土著杀害了琉球人，日本人高喊杀琉球人就是杀日本人，目的则是通过侵犯台湾保护琉球，或者说是通过对台湾的行动，得到对琉球实质性的控制。
明治维新之后，日本以极快的速度，接受了西方外交准则，学会了国际公法的理念，因此决定对琉球实施直接统治，而不是学自中国的附属国方式。
满清愚蠢的外交策略，让日本的所有图谋都得逞了，通过那50万两白银的赔偿，承认日本的行动是保民义举，间接的承认了琉球归属于日本。
日本为什么对琉球如此重视，原因很简单，琉球群岛从日本南部一直延伸到台湾，可以说是一根连接日本列岛跟中国大陆福健地区的锁链，日本得到琉球，大大拉近了跟中国大陆的距离，而中国得到琉球，军舰可以说就在日本列岛的腹部。
之前在幕府时代，日本可以默许琉球继续跟中国保持联系，因为这种联系并不损害日本对琉球的实际控制，同时日本还能从这种联系中受益，当时满清统治的大陆采取闭关锁国政策，对日本贸易很不重视，日本无法跟中国之间直航，可是通过琉球就可以了。有时候甚至出现了日本萨摩藩不同势力的船队，冒充琉球贡使在中国大打出手争夺进贡权力的闹剧。
明治维新之后，日本新政府了解了国际形势，明白如果继续任由琉球以一个独立的身份存在于中日之间，最后日本很可能会失去琉球，一个最重要的原因，就是日本了解到英国想得到琉球，将琉球打造成东北亚新加坡的意图。
英国人的目的让日本极为紧张，所以明治维新不久之后，日本就加强了对琉球的控制。
在没有获得琉球国的同意之下，1868年，日本维新政府的太政官令将琉球王国置于日本鹿儿岛县的管辖之下。1873年，命琉球受内务省管辖，租税上缴大藏省，将其纳入日本内政事务。1874年，命令琉球尊奉日本明治年号，不得再向清政府入贡。1877年，直接在琉球设立日本警察和司法机构，派遣三千萨摩武士改组的警察直接控制琉球的内政。
终于到了今年，已经牢牢控制住琉球之后，日本照会各国，表示琉球自古就是日本属国，日本今要直辖琉球，要求各国废除或改组在琉球的外交机构，并就各国与琉球曾经签订的各种国际条约进行重新商谈。
琉球国名也不在使用，而是恢复了古名，日语汉字写作冲绳，读音为阿儿奈波，南宋时期日本就使用这个名字来称呼琉球群岛。
琉球从此不再是一个国家，而是日本的冲绳县，琉球王室则被册封为日本华族。
朱敬伦建立大明国之后，琉球人出于长远考虑，认为还是满清的实力更强，加上一些中国传统的道义思想影响，认为不应该废除跟满清两百多年来的宗藩恩义，将原本设在福州的琉球馆迁到了天津，继续维持跟满清的关系，继续向清廷纳贡。
因此日本这几年在琉球的行动，清廷不可能置之不理，尤其是琉球本国请求的情况下，清廷那群以道义为第一大事的老夫子，逼着李鸿章必须帮助琉球。
琉球在1876年先后数次派遣使者到东京，恳求日本能够让琉球和清政府保持外交关系，没有得到日本政府的应允后，求到了清国驻日公使头上，因此清廷根本就无法装作不知情。1877年，清政府曾经派出使者对日本吞并琉球表示抗议，可北方正在闹灾荒，显然不可能阻止日本，李鸿章也没有为一个番邦跟日本开战的决心。
就在琉球国王被掳到东京之前，李鸿章还拜托美国总统就琉球问题进行调停。在美国总统的努力下，日本决定与清国换岛，将两座小岛赔偿给清国。清国这两座岛屿并不是给自己要的，而是希望用来安置琉球遗族，保持琉球社稷的，但是琉球官员认为两岛贫瘠并不同意。
至此日本再也不给机会了，直接废藩置县，改琉球为冲绳县，将琉球王掳到了东京去。
这件事满清和日本从始至终都没有征求过大明的态度，好像大明跟此事无关一样，法理上大明对琉球是没有任何管辖权，跟日本之间没有任何争议，但琉球的变动却不可能影响不到大明，在大明和日本之间，到底是接受一个独立的琉球国，还是面对一个日本的冲绳县，这没有选择，让日本的领土直面台湾岛，相当于让日本人的枪口正面顶着大明的测腹部。
所以大明必须干涉，至于理由，没有理由那就制造理由。
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