王守仁没有丝毫气馁，根据风俗开化教导当地人，受到民众爱戴。在这个时期，他对《大学》的中心思想有了新的领悟，王守仁认识到“圣人之道，吾性自足，向之求理于事物者误也”，他还写下了著名的“教条示龙场诸生”，可谓龙场悟道。
王守仁谪戍期满，复官庐陵县知县，次年八月，刘瑾被杨一清联合宦官张永设计除去，十二月王守仁升任南京刑部主事，正德六年王守仁随即被召入京，历任吏部验封司主事、署员外郎、吏部文选司主事，正德七年历任吏部考功司郎中、南京太仆寺卿，正德九年升任南京鸿胪卿。
正德十一年八月，兵部尚书王琼对王守仁的才能十分赏识，在王琼的推荐下，王守仁被擢为都察院左佥都御史。
当时，南中地带盗贼蜂拥四起，谢志山占领横水、左溪、桶冈，池仲容占领浰头，各自称王，与大庾的陈曰能、乐昌的高快马、郴州的龚福全等遥相呼应，攻占、剽掠各处府县。
而福建大帽山的盗贼詹师富等又起兵，前任巡抚文森托病去职，谢志山联合乐昌的盗贼夺取大庾，进攻南康、赣州，赣县。
王守仁到任后，知道官府中有不少人是盗贼的耳目，于是责问年老而狡黠的仆役，仆役浑身哆嗦不敢隐瞒，如实坦白，守仁赦免了他们的罪过，让他们侦探叛军的情报，守仁因此掌握了盗贼的动静，随后他传檄福建、广东会兵一处，首先讨伐大帽山的盗贼，王守仁用兵“诡异”、独断，素有“狡诈专兵”之名。
正德十二年正月，王守仁亲自率领精锐在上杭屯兵，假装撤退，出敌不意进攻，连破四十余寨，斩杀、俘获七千多人，他向朝廷上疏称，权力太小，无法命令将士。
王琼上奏，给了王守仁旗牌，可以便宜从事，七月，进兵大庾，十月，克左溪、横水，破巢八十四，斩杀、俘获六千多人，战后，在横水设置崇义县，随后师还赣州，讨伐利头的盗贼，斩杀两千多人，王守仁率领书生和偏裨，荡平为患数十年的盗贼，附近的人都惊呼王守仁是神。
正德十四年，宁王朱宸濠发动叛乱，据说，消息传到北京后，朝中大臣震惊不已，只有王琼却十分自信地说道：“王伯安在江西，肯定会擒获叛贼。”王伯安就是王守仁也就是王阳明。
当时，王守仁正准备前往福建平定那里的叛乱，行至江西吉安与南昌之间的丰城，得到朱宸濠叛乱的消息，立即赶往吉安，募集义兵，发出檄文，出兵征讨。
一开始，王守仁来了个疑兵之计，他深知如果宁王顺长江东下，那么南京肯定保不住，作为留都的南京丢了，叛军在政治上就会占有一定的主动，平叛就会有困难。
王守仁平定盗贼后兵符已上交兵部，手中无兵，在江西境内的朝廷官吏都来帮助守仁，又在袁州聚集各府县士兵，征调军粮、制造兵械船只。
王守仁假装传檄各地至江西勤王，在南昌到处张贴假檄迷惑宸濠，声称朝廷派了边兵和京兵共八万人，会同自己在南赣的部队以及湖广、两广的部队，号称十六万，准备进攻宁王的老巢南昌，为争取时间集结军队，又写蜡书让朱宸濠的伪相李士实、刘养正劝宸濠发兵攻打南京，又故意泄露给宸濠，此时，李、刘二人果然劝宸濠进兵南京，宸濠大疑，结果按兵不动。
宁王犹疑不定，等了十多天，探知朝廷根本没有派那么多的兵来，才沿江东下，攻下九江、南康两城，逼近安庆，而在朱宸濠率兵六万自九江沿江而下、窥伺南京的时候，王守仁已经率领仓促组建的八万平叛军，直捣宁王的老巢南昌，迫使朱宸濠回援。
当时有人建议王守仁往救安庆，他不肯，分析说：如果救安庆，与宁王主力相持江上，而南康和九江的敌人就会乘虚攻我后背，我们腹背受敌，而我们直捣南昌，南昌守备空虚，我们的军队锐气正足，必可一举而下，宁王必定回救，到时我们迎头痛击，肯定会取胜，后来的事实果如王守仁所料
王守仁大军已集结完毕，宸濠精锐都前往安庆，留守南昌的兵力空虚，守仁率兵攻打南昌，宸濠回兵救南昌，最终双方在鄱阳湖决战，经过三天的激战，宁王战败被俘，宁王叛乱历时三十五天后宣告结束。
然而，平叛大功却没有得到武宗的认同，武宗身边的佞幸之臣，平时与宁王交往密切，心态极端复杂，一些佞幸之臣希望王守仁将朱宸濠释放，然后再让已经南巡的武宗亲自“擒获”朱宸濠，以满足武宗的虚荣心，面对这样复杂的情势，王守仁急流勇退。
他将朱宸濠交付当时尚属正直的太监张永，然后称病，以避免卷入更多的政治事端中，所以，终武宗一朝，王守仁平叛之功没有得到朝廷的封赏，直到世宗即位以后，王守仁才加官晋爵。
王守仁一生中受到道家的影响明显多于佛家，但其终究不离儒学本质，王守仁继承陆九渊强调“心即是理”之思想，反对程颐、朱熹通过事事物物追求“至理”的“格物致知”方法，因为事理无穷无尽，格之则未免烦累，故提倡“致良知”，从自己内心中去寻找“理”，“理”全在于人之“心”，“理”化生宇宙天地万物，人秉其秀气，故人心自秉其精要。
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